瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎(chǔ)。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。質(zhì)量較好的瓊脂糖強度通常在1200 克/cm2以上(1%膠濃度)。瓊脂糖的凝膠性是由存在的氫鍵所致，凡是能破壞氫鍵的因素都能導(dǎo)致凝膠性的破壞。

  在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團(tuán)，就會造成電內(nèi)滲，電內(nèi)滲對質(zhì)點的移動產(chǎn)生影響。